中枢神经系统：颅脑肿瘤、外伤性病变、脑血管病变、脑白质病、发育畸形、椎管肿瘤、脊髓病变等具有很高的临床诊断价值。对颅底、后颅窝、颅颈交界区、椎管及脊髓病变是首选检查方法。
头颈部：眼眶、内耳、鼻窦、鼻咽部、颈部软组织等疾病
心血管系统：可用于评价心脏大血管解剖学形态，是评价心功能的金标准；对大血管病变，如主动脉瘤、主动脉夹层、血管发育异常进行诊断；在心肌梗死、心肌淀粉样病变、心肌纤维化、心肌脂肪浸润等心肌病变的临床诊断判断中价值越来越重要。
消化系统：对肝脏、胰腺、胆囊、脾脏、双肾、胆道疾病的诊断中价值较高，如肿瘤、炎症等；在胃肠道疾病的诊断中也有一定的参考价值。泌尿生殖系统对肾脏、输尿管、膀胱、前列腺、子宫附件临床价值较高。
骨肌、关节：对软组织病变、关节和关节周围病变，包含肌肉、肌腱、韧带、软骨、骨髓等疾病诊断优势明显。
乳腺：对乳腺良、恶性肿瘤的诊断及鉴别诊断，肿瘤分期，肿瘤血管生成评估及术后随访有重要临床诊断价值。结合时间-信号曲线可以提高对疾病诊断的准确性。
呼吸系统：明显不及CT。
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