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上新6分m6A相关lncRNA生信套路 [复制链接]

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m6A相关lncRNA生信套路课程目录:

1.M6A相关lncRNA简介

.转录组数据下载

3.转录组数据整理

4.id转换

5.临床数据下载

6.临床数据整理

7.区分mRNA和lncRNA

8.提取m6A基因表达量

9.m6A相关lncRNA

10.共表达网络

11.lncRNA表达和生存数据合并

1.预后相关的lncRNA

13.预后相关的lncRNA热图

14.lncRNA分型

15.分型生存分析

16.分型与临床相关性热图

17.基因差异分析

18.基因相关性分析

19.免疫细胞浸润

0.肿瘤微环境

1.免疫细胞差异小提琴图

.免疫细胞差异箱线图

3.肿瘤微环境差异分析

4.GSEA输入文件

5.GSEA富集分析

6.预后模型构建

7.生存曲线

8.ROC曲线

9.风险曲线

30.独立预后分析

31.临床分组的模型验证

3.风险与临床相关性热图

33.风险与临床相关性箱线图

34.基因差异分析

35.免疫相关性分析

重要概念简介:

m6A修饰

N6-甲基腺苷(m6A)是真核细胞中最丰富的修饰,它调控RNA的转录、加工、剪接、降解和翻译。m6A甲基化水平与肿瘤、心力衰竭、阿尔茨海默病、牙周炎、腹主动脉瘤、肥胖症等疾病的发生、发展密切相关。m6A通过三个同源因子writers(甲基转移酶)、readers(结合蛋白)和erasers(去甲基酶)之间的动态相互作用,对RNA产生修饰和影响

lncRNA

长链非编码RNA(Longnon-codingRNA,lncRNA)是长度大于00个核苷酸的非编码RNA。研究表明,lncRNA在剂量补偿效应(Dosage

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